หลังจากเก็บฝักบัวแล้วประมาณ 3 เดือน ต้นก็จะเริ่มโทรม ให้ระบายน้ำออกจากแปลงบัวให้แห้ง เมื่อดินแห้งพอที่จะใช้รถไถลงไถได้ ให้ไถดะพลิกหน้าดินให้ลึก เพื่อที่จะทำให้ดินโปร่งขึ้น รากบัวชั้นบนๆซึ่งเป็นรากขนาดเล็กลดจำนวนลง ถ้าหากไม่มีการไถในปีต่อมา บัวจะขึ้นแน่นมากทำให้ฝักบัวมีขนาดเล็กมาก เมื่อไถแล้วปล่อยน้ำเข้าทันทีเพื่อป้องกันไม่ให้หญ้าขึ้น ต้นบัวใหม่จะงอกขึ้นมาพ้นน้ำในเวลาประมาณ 3-7 วัน

ถ้าจะทำการขุดไหลเพื่อจำหน่าย เมื่อบัวเริ่มโทรมใช้ปุ๋ยเคมีบำรุงให้บัวแตกใบใหม่ และมีไหลขนาดใหญ่และแข็งแรง เมื่อบัวงามดีแล้วจึงระบายน้ำออกให้แห้งจนดินแตกระแหง ใช้เสียมงัดตามระแหงที่ดินแตกออกเป็นก้อนๆ เมื่อพบไหลก็ขุดมาจำหน่ายได้ ซึ่งจะตรงกับระยะประมาณเดือนมกราคม-กุมภาพันธ์ ไหลที่ขุดได้ถ้าจะเก็บรักษาไว้เพื่อรอการปลูกหลังจากเก็บขึ้นมาแล้วให้นำมากองไว้แล้วรดน้ำให้โชก แล้วใช้ใบตองปิดไว้ และพยายามรดน้ำบ่อยๆ อย่าให้ไหลแห้งจะสามารถเก็บไหลไว้ได้ประมาณ 1 เดือน