เมื่อปลูกบัวได้ประมาณ 3-4 เดือน ก็จะเริ่มเก็บฝักได้ ฝักแก่จะสังเกตได้จากฝักปลายเมล็ดเริ่มแห้ง เป็นสีเทา หรือสีดำ หากปล่อยให้แห้งทั้งฝักเมล็ดจะหลุดจากขั้ว ร่วงง่าย ระยะเวลาตั้งแต่ดอกตูมถึงเก็บฝักได้ประมาณ 40-50 วัน บัวจะให้ผลผลิตนานราวๆ 3-4 เดือน จากนั้นจะเริ่มโทรม

ในการเก็บฝักบัวนั้น จะใช้เรือถ่อเข้าไปแปลงบัว แล้วใช้ไม้สอยฝักบัวใส่เรือ ไม้ที่ใช้สอยนี้ชาวบ้านเรียกว่า "ซ่าว" ซึ่งยาวประมาณ 3 วา เมื่อเก็บฝักได้เต็มลำเรือแล้ว ก็ขนขึ้นมาเก็บรวมกันในลานดิน แล้วใช้ไม้ทุบให้ฝักฉีกเมล็ดแก่จะร่วงหลุดออกจากฝัก ถ้ายังมีเมล็ดบัวติดค้างในฝักอีกก็จะใช้คนแกะออกมา เมล็ดที่ได้จะนำไปตากแดดให้แห้งประมาณ 2-3 แดด จากนั้นเอาตะแกรงร่อนเอาเมล็ดลีบๆ หรือเมล็ดเสียออก แล้วบรรจุเมล็ดบัวที่ดีลงกระสอบเตรียมส่งขายต่อไป

ผลผลิตเมล็ดบัวแห้งจะได้ไร่ละประมาณ 12-15 ถัง หรือประมาณ 144-180 กิโลกรัม ราคาที่เกษตรกรขายได้ถังละ 120-400 บาท