1.  โรคราสนิม
อาการของโรค อาการจะปรากฏบนใบจริงคุ่แรกของต้นถั่วเหลืองที่มีอายุตั้งแต่ 2 สัปดาห์ หรือเมื่อเริ่มออกดอก โดยพบแผลลักษณะเป็นจุดสีน้ำตาลเล็กๆ ทางด้านใต้ใบ ต่อมาจุดสีน้ำตาลนี้จะขยายนูนขึ้นมาดูคล้ายขุยผงสีน้ำตาลหรือสีสนิม เมื่อถึงระยะนี้เชื้อโรคจะแพร่ระบาดอย่างรวดเร็วทำให้ใบแสดงอาการจุดเล็กๆ ทั่วทั้งใบ ใบที่เป็นโรคจะร่วงก่อนแก่ฝักที่มีอยู่อาจเล็กผิดปกติหรือลีบไม่มีเมล็ด
การป้องกันกำจัด
1.ใช้พันธุ์ต้านทานโรค คือ เชียงใหม่ 60
2.  ปลูกพืชหมุนเวียนอื่น ๆ ยกเว้นมันแกว
3.  ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สมบูรณ์ปราศจากเชื้อโรค
4.  ฉีดด้วยสารเคมี แมนเซท-ดี หรือไดเทนเอ็ม-45 อัตรา 30-40 กรัมผสมน้ำ 20 ลิตร ฉีดพ่นให้ทั่วโดยเฉพาะตรงใบล่างๆ ตั้งแต่อายุ 40 วัน และฉีดหลังจากนี้อีก 2ครั้ง ห่างกัน 7วัน ถ้าไม่ปรากฏอาการของโรคก็ไม่ต้องฉีด

2.  โรคราน้ำค้าง
สาเหตุ เกิดจากเชื้อรา เกิดทั่วๆไปในแหล่งที่ปลูกที่มีอากาศค่อนข้างเย็น ผลผลิตเสียหายได้ทั้งใบและเมล็ด
อาการของโรค ขึ้นแรกจะเห็นเป็นจุดขนาดเล็กสีเขียวอ่อนทางด้านบนของใบ ต่อมาจะเปลี่ยนเป็นสีเทา-น้ำตาล หรือเป็นแผลสีน้ำตาล-ดำ 
โดยมีขอบแผลสีเหลืองเขียวใต้ใบ ในตอนเช้า ๆ ที่มีน้ำค้าง แผลจะมีกลุ่มของเส้นใยสีเทาอ่อนและสีเทา-ม่วงขึ้นปกคลุม ใบที่เป็นโรคมากจะเหลืองและกลายเป็นน้ำตาล และร่วง
 โรคนี้เกิดกับฝักได้ ภายในฝักและเมล็ดจะห่อหุ้มอย่างแน่หนาด้วยเชื้อราสีเทาอ่อน เมล็ดถั่วเหลืองเหล่านี้เมื่อนำไปปลูกจะเป็นโรคได้อีก โดยจะสังเกตใบที่งอกใหม่อายุ 2 สัปดาห์จะเห็นจุดขนาดใหญ่บนใบคู่แรกและใบคู่ที่ 2 และต้นกล้าจะตายไป
การป้องกันกำจัด
1.  ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สะอาดปราศจากโรค
2.  ทำลายซากพืชที่เป็นโรคหลังการเก็บเกี่ยว
3.  ใช้สารเคมีคลุกเมล็ดพันธุ์เช่น แคปแทน หรือ ไดโฟลา-แทน ในอัตรา 1-2.5 กรัม ต่อเมล็ดพันธุ์ 1 กิโลกรัม หรือใช้เอพรอน ในอัตรา 7 กรัมคลุกเมล็ดพันธุ์ 1 กิโลกรัม จะลดปริมาณของเชื้อโรคลงได้ลง

 3.โรคใบจุดนูนหรือแบคทีเรียพัสตูล
สาเหตุ เกิดจากเชื้อแบคทีเรีย
อาการของโรค อาการเริ่มแรกเกิดเป็นจุดสีเหลืองแกมเขียวและมีรอยนูนเล็ก ๆ ขึ้นมาตรงกลางแผล พบอาการทั้งด้านใต้ใบและบนใน ต่อมาจะพบเป็นรอยแผล เป็นกลุ่มกระจายทั่วไปและมีสีน้ำตาลแดง มีรอยสีเหลืองซีดล้อมเป็นวงรอบแผลเมื่อแผลแห้งจะตกสะเก็ดเป็นรอยบุ๋มลึกลงไปกลางแผลแผลอาจเกิดเป็นรอย ติดต่อกันเป็นสีน้ำตาล เข้มขนาดใหญ่ และมีรอยสีเหลืองล้อมรอบ แผลอาจมีการฉีกขาดออกไปได้ง่าย โรคนี้จะระบาดมากในฤดูฝน
การป้องกันกำจัด
1.  ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สะอาดปราศจากโรค
2.  ใช้พันธุ์สุโขทัย 1 นครสวรรค์ 1 ซึ่งต้านทานโรคใบจุดนูน
3.  ป้องกันแมลงไม่ให้ทำแผลบนส่วนต่าง ๆ ของพืช

4.  โรคเน่าคอดินและโรครากเน่า
สาเหตุ เกิดจากเชื้อราหลายชนิดที่ติดมาในเมล็ด อยู่ในดิน เศษซากพืช หรืออื่น ๆ
อาการของโรค ที่เห็นชัดคือต้นถั่วเหลืองไม่งอก โดยที่เมล็ดเน่าก่อนงอก หรือต้นเน่าก่อนโผล่ออกมาเหนือดิน หรือเมื่องอกโผล่พ้นผิวดินรากและโคนต้นกล้าเน่าทำให้ลำต้นหักพับตาย บางครั้งอาจพบเส้นใยเชื้อรา สีขาวขึ้นตรงบริเวณระดับดินเกิดเป็นหย่อน ๆ บริเวณดินที่มีการระบายน้ำไม่ได้ น้ำขัง
การป้องกันกำจัด
1.  เตรียมดินให้มีการระบายน้ำดี
2.  ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สมบูรณ์ปราศจากโรค มีเปอร์เซนต์ความงอกสูง
3.  คลุกเมล็ดก่อนปลูกโดยใช้สาร แคปแทน หรือไดโฟลาแทน อัตรา 1-2.5 กรัม/น้ำหนักเมล็ด 1 กิโลกรัม การคลุกเมล็ดต้องคลุกให้ทั่วถึง

5. โรคใบโกร๋นหรือแอนแทรกโนส
สาเหตุ  เกิดจากเชื้อรา
อาการของโรค อาการบนใบ ก้านใบ กิ่ง ก้านฝักและฝัก พบ
ลักษณะเป็นจุดแผลสีน้ำตาลเข้ม อาจพบมีวงสีเหลืองล้อมรอบหรือไม่ก็ได้ ขนาดของแผลมีได้ตั้งแต่จุดเล็กขนาด 1-2 มิลลิเมตร ถึง 5-10 มิลลิเมตร ขึ้นอยู่กับพันธุ์ของถั่วเหลือง
อาการบนกิ่งก้านและลำต้น พบจุดสีดำเล็ก ๆ เกิดขึ้นทั่วไปบนผิวชั้นนอกของกิ่งก้านและทุกส่วนของลำต้น
อาการบนฝัก  พบจุดสีดำเล็ก ๆ บนฝักทั่วไปทั้งฝัก หรือแสดงลักษณะของวงสีดำซ้อนกันเป็นชั้น ๆ เมล็ดในฝักมักลีบหรือย่น เป็นรอยแผลสีน้ำตาล และทำให้เปอร์เซนต์ความงอกลดลงอย่างมาก
การป้องกันกำจัด
1.  คลุกเมล็ดพันธุ์ก่อนปลูกด้วยสารเคมีกำจัดเชื้อรา
2.  ปลูกพืชหมุนเสียน
3.  ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สะอาดปราศจากโรคและมีความงอกสูง
4.  ทำความสะอาดแปลงปลูก โดยการเก็บเศษซากต้นถั่วเหลืองเผาไฟ
5.  ในแหล่งที่มีโรคนี้ระบาดไม่ควรปลูกถั่วเหลืองในฤดูฝน หรือพยายามวางแผนการปลูก ให้ช่วงที่ถั่วเหลืองติดฝักจนเก็บเกี่ยวไม่มีฝนตกมากนัก
6.  ระยะฝักอ่อนหากมีโรคระบาดใช้สารเคมีแมนโคเซบ หรือแคปแทนฉีดพ่น

6.  โรคที่เกิดจากเชื้อรา
อาการใบหด ย่น หรือหงิก ต้นถั่วเหลืองแสดงอาการต้นเตี้ย กิ่งข้อและก้านใบสั้น แคระแกร็น ใบย่นเป็นคลื่น ใบแคบ ขอบใบม้วนลง มักมีสีเขียวเข้มกว่าปกติ บางครั้งใบอ่อนที่แตกมาใหม่ ๆ ใบจะย่น เส้นใบสีเหลืองซีดถึงสีขาว ต้นถั่วที่เป็นโรคนี้จะไม่ค่อยติดฝัก โรคนี้มีแมลงหวี่ขาวเป็นแมลงพาหะ
อาการใบด่าง ต้นถั่วเหลืองแสดงอาการใบด่าง เป็นดวง แคระแกร็น ใบไม่ย่น อาการที่ปรากฏมักเห็นชัดเจนในใบอ่อน บางครั้งใบอ่อนที่แสดงอาการต่างอาจย่นเล็กน้อย อาการที่พบจะมากเมื่อถั่วเหลืองเริ่มออกดอก ในพันธุ์ที่อ่อนแอ นอกจากอาการใบด่างแคระแกร็นแล้ว ยังทำให้ยอดแห้งตายอีกด้วย ต้นเป็นโรคจะออกดอกตามปกติ แต่มีจำนวนน้อยและเมล็ดไม่สมบูรณ์ โรคนี้มีเพลี้ยอ่อนเป็นแมลงพาหะ
การป้องกันกำจัด
1.  นำต้นที่เป็นโรคไปเผาทิ้ง
2.  พ่นสารฆ่าแมลงที่เป็นพาหะของโรค เช่น มาลาไธออน, ไดเมทโธเอท
3.  หลังการเก็บเกี่ยว ควรทำลายต้นพืชที่หลงเหลืออยู่ในแปลงปลูก เพื่อทำลายแหล่งอาศัยของแมลงพาหะ
4.  ปลูกพืชหมุนเวียน