สะเดาจะเริ่มติดผลเมื่ออายุ 3-5 ปี ให้ทำการเก็บผลสะเดาสุกจากต้นหรือผลที่ ร่วงใหม่ๆ รีบนำมาแยกเนื้อหุ้มผลออกจากเมล็ด แล้วล้างน้ำให้สะอาด จากนั้นนำ เมล็ดไปตากแดด 1-2 วัน แล้วนำไป ผึ่งลมในที่ร่มจนแห้งสนิท จึงค่อยบรรจุใส่ภาชนะ ที่มีอากาศถ่ายเท ได้ดี เช่นกระสอบป่าน ถุงตาข่ายไนล่อน เป็นต้น เก็บไว้ในที่แห้งเย็น ไม่อับชื้น เพื่อป้องกันเชื้อรา