วัชพืชถือได้ว่าเป็นอุปสรรคสำคัญในการพัฒนาการปลูกข้าว ไม่ว่าจะเป็นการปลูกข้าวโดยวิธีใด ทั้งนี้ เนื่องจากความชื้นในดินทำให้เกิดมีวัชพืชขึ้นมากชนิดกว่าการปลูกพืชชนิดอื่น ๆ ซึ่งวัชพืชใบแคบสกุบหญ้าต่าง ๆ จะสร้างปัญหาให้มากที่สุด ส่วนวัชพืชใบกว้างและวัชพืชน้ำนั้นจะทำความเสียหายให้น้อยกว่า การควบคุมวัชพืชควรจะเริ่มตั้งแต่การปลูกจนกระทั่งเก็บเกี่ยว ส่วนวิธีการควบคุมนั้นก็สามารถทำได้หลายวิธี ขึ้นอยู่กับประสิทธิภาพของวิธีการเหล่านั้นและความพร้อมของเกษตรกรเอง ดังนั้น ในการจะเลือกใช้วิธีใด เกษตรกรควรต้องพิจารณาถึงปัจจัยหลาย ๆ ด้าน เช่น สภาพพื้นที่ที่ปลูกข้าง ชนิดของวัชพืช ผลดี-ผลเสียของแต่ละวิธี วัสดุอุปกรณ์ที่ใช้ ระยะเวลาที่ใช้ รวมทั้งความคุ้มค่าต่อการลงทุนด้วย


1. การคัดเลือกเมล็ดพันธุ์ และใช้เมล็ดพันธุ์ที่ปราศจากการเจือปนของเมล็ดวัชพืช ซึ่งเกษตรกรสามารถทำได้หลายวิธี เช่น

1.1 การฝัดหรือโบก เพื่อให้สิ่งเจือปนที่เบากว่าเมล็ดข้าวแยกตัวออก

1.2 การคัดแยกสิ่งเจือปนด้วยมือ
1.3 การทดสอบความงอกของเมล็ดพันธุ์ก่อนนำไปปลูก

1.4 การแยกเมล็ดโดยการลอยตัวโดยการนำเมล็ดพันธุ์ข้าวมาแช่น้ำ คนให้ทั่วแล้วทิ้งไว้สักพัก เมล็ดที่เสียจะลอยอยู่ข้างบนให้ตักออกแล้วนำเมล็ดที่จมน้ำมาตากให้แห้งก่อนนำไปปลูกหรือเก็บเมล็ดไว้ทำพันธุ์ต่อไป
2. การเตรียมดิน
2.1 การไถ เป็นการพลิกหน้าดินส่วนล่างขึ้นมาอยู่ข้างบน การไถครั้งแรกจึงเป็นการกลบทำลายวัชพืชที่อยู่ด้านบน ส่วนวัชพืชที่อยู่ด้านล่างก็จะถูกพลิกขึ้นมาข้างบน ดังนี้นจึงควรไถประมาณ 2-3 ครั้ง โดยทิ้งช่วงการไถแต่ละครั้งประมาณ 7-10 วัน เพื่อจะได้ทำลายวัชพืชทั้งที่อยู่บนดินและเหง้าที่อยู่ใต้ดิน

2.2 การคราด เป็นวิธีการกำจัดวัชพืชที่ใช้ลำต้นหรือเหง้าในการขยายพันธุ์ และยังสามารถกำจัดต้นอ่อนของวัชพืชหลังจากการไถได้อีกด้วย นอกจากนี้ยังจะทำให้ดินร่วนซุย เหมาะแก่การชอนไชของรากข้าวนาหว่าน ทำให้ต้นข้าวงอกงามแข็งแรง

2.3 การทำเทือก เป็นวิธีการทำให้ดินที่ผ่านการไถดะหรือไถพรวนแล้วให้อยู่ในสภาพที่เละง่ายต่อการปักดำ หรือการทำนาหว่ายน้ำตม ทำให้ต้นข้าวเจริญเติบโตได้รวดเร็วขึ้น

3. เลือกวิธีการปลูกและอัตราการปลูก

3.1 วิธีการปลูก การปลูกข้าวแบบนาดำจะช่วยลดปริมาณวัชพืชได้มากกว่าวิธีอื่น เพราะในการปักดำข้าวจะใช้กล้าต้นข้าวที่มีการเจริญเติบโตแล้ว ในขณะที่วัชพืชกำลังจะเริ่มเจริญเติบโตดังนั้น จึงเป็นการลดการระบาดของวัชพืชลงได้
3.2 อัตราการปลูก ความหนาแน่นของต้นข้าวก็มี ส่วนช่วยในการควบคุมวัชพืชได้เหมือนกัน ถ้าต้นข้าวมีความหนาแน่นน้อย ช่องว่างระหว่างต้นข้าวก็จะมีมาก ทำให้เกิดวัชพืชได้มาก ในทางตรงกันข้าม ถ้าความหนาแน่นของต้นข้าวมาก ช่องว่างระหว่างต้นมีน้อย วัชพืชก็เกิดขึ้นได้น้อย

4. การควบคุมโดยใช้ระดับน้ำ ในการทำนาดำหรือนาหว่านน้ำตม น้ำจะเป็นปัจจัยสำคัญในการเพิ่มผลผลิตข้าวให้สูง ดังนั้น การที่เกษตรกรปล่อยน้ำให้ขังอยู่ในแปลงนาก็จะเป็นการช่วยลดปัญหาวัชพืช โดยเฉพาะวัชพืชใบแคบสกุลหญ้าจะมีความอ่อนแอต่อสภาพน้ำขัง
5. การใช้แรงงานในการกำจัดวัชพืช โดยการใช้มีด จอบ เสียม หรือเครื่องมืออื่น ๆ ที่ต้องใช้แรงงานคน แต่เนื่องจากปัจจุบันนี้แรงงานหายากและมีราคาแพง อีกทั้งต้องใช้เวลามาก จึงไม่นิยมปฏิบัติกัน

6. การใส่ปุ๋ย ควรทำการกำจัดวัชพืชก่อนการใส่ปุ๋ย การใส่ปุ๋ยครั้งแรกจะใส่ขณะเตรียมดิน และจะใส่อีกครั้ง หลังจากนำน้ำเข้าแปลง เพื่อให้น้ำยับยั้งการเจริญเติบโตของวัชพืชเป็นการป้องกันไม่ให้วัชพืชมาแย่งธาตุอาหารของต้นข้าว
7. การปลูกพืชหมุนเวียน การปลูกพืชอื่น เช่น ข้าวโพด ถั่วเขียว ถั่วเหลือง ฯลฯ สลับกับการปลูกข้าว จะทำให้เกิดการเปลี่ยนสภาพของดินและระบบนิเวศวิทยาของพืช และวัชพืชซึ่งมีความต้องการสภาพของดินแตกต่างกัน จึงมีผลทำให้วัชพืชลดลงได้

8. การใช้สารเคมีในการกำจัดวัชพืช ซึ่งปัจจุบันมีแนวโน้มจะใช้กันเพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ ทดแทนการใช้แรงงานคนที่หายากและมีราคาแพง แต่เนื่องจากสารเคมีกำจัดวัชพืชจัดได้ว่าเป็นสารพิษ ดังนั้นเกษตรกรจึงควรมีความรอบคอบในการใช้ เลือกใช้สารเคมีให้เหมาะสมกับวัชพืช ใช้ตามอัตราและเวลาที่กำหนด อีกทั้งต้องพิจารณาราคาของสารเคมีที่จะใช้ด้วยว่าจะคุ้มค่าต่อการลงทุน นอกจากนี้ยังควรคำนึงถึงพิษตกค้างที่อาจจะสะสมในพืชหรือในดิน ซึ่งจะก่อให้เกิดอันตรายต่อตัวเกษตรกร ผู้บริโภคและสิ่งแวดล้อม หากเป็นไปได้ควร หลีกเลี่ยงหรือใช้ในปริมาณที่น้อยที่สุดก็จะเป็นการดีอย่างยิ่ง

9. การควบคุมโดยชีววิธี เช่น การเลี้ยงปลา เลี้ยงเป็ด และปลูกแหนแดง จะมีส่วนช่วยป้องกันและกำจัดวัชพืชได้เป็นอย่างดี และเป็นการเพิ่มธาตุอาหารในดินอีกด้วย