การใช้ปุ๋ยหมัก มีวัตถุประสงค์หลักก็เพื่อปรับปรุงสภาพของดินให้ เหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของพืช ถ้าจะให้ผลดีควรต้องใส่ในปริมาณที่มาก เพียงพอและใส่อย่างสม่ำเสมอทุกปี ในเนื้อของปุ๋ยหมักแม้ว่าจะมีธาตุอาหารพืช อยู่แต่ก็มีไม่มากเหมือนกับปุ๋ยเคมี ดังนั้นถ้าต้องการปรับปรุงความอุดม สมบูรณ์ของดิน โดยการเพิ่มเติมธาตุอาหารพืชลงไป จึงควรใส่ปุ๋ยเคมีร่วมไปกับ การใส่ปุ๋ยหมักด้วยจะให้ผลดีที่สุด ทั้งนี้ปุ๋ยหมักไม่เพียงแด่จะปลดปล่อยธาตุอาหาร ออกมาจำนวนหนึ่งเท่านั้น ยังมีบทบาทสำคัญช่วยให้การใช้ปุ๋ยเคมีเป็นไป อย่างมีประสิทธิภาพ
อัตราการใส่ปุ๋ยหมักในดินแด่ละแห่งก็แตกต่างกันไป แล้วแด่สภาพ ของดินและชนิดของพืชที่ปลูก ถ้าดินเป็นดินที่เสื่อมโทรม มีความอุดมสมบูรณ์ ต่ำ หรือดินที่มีเนื้อดินเป็นดินทรายจัด ก็ควรต้องใส่ปุ๋ยหมักให้มากกว่าปกติ ปุ๋ยหมักที่สลายตัวดีแล้วจัดเป็นปุ๋ยที่สามารถใส่ให้กับพืชในปริมาณมากๆ ได้ไดยไม่เกิดอันตราย ดังนั้นถ้าผลิตปุ๋ยหมักได้มากพอแล้ว เราสามารถใส่ลงไป ในดินให้มากเท่าที่ต้องการได้ แด่ก็ไม่ควรใส่มากเกินอัตราปีละ 20 ตันต่อไร่ เพราะอาจก่อให้เกิดผลเสียต่อดินได้ ่
การใช้ปุ๋ยหมักกับพืชผัก พืชผักส่วนใหญ่เป็นพืชที่มีระบบราก แบบรากฝอย รากสั้นอยู่ตื้นๆ ใกล้ผิวดิน การใส่ปุ๋ยหมักจะมีประโยชน์มาก เพราะช่วยให้ดินร่วนซุยขึ้น ทำให้รากของพืชผักเจริญเติบโตได้รวดเร็ว แตกแขนงแพร่กระจายไปได้มาก มีระบบรากที่สมบูรณ์ ทำให้สามารถดูดซับ แร่ธาตุอาหารได้รวดเร็ว ทนต่อการแห้งแล้งได้ดีขึ้น วิธีการใส่ปุ๋ยหมักใน แปลงผักอาจใช้วิธีโรยปุ๋ยหมักที่สลายตัวดีแล้ว คลุมแปลงให้หนาประมาณ 1-3 นิ้ว ใช้จอบสับผสมคลุกเคล้าลงไปในดินให้ลึกประมาณ 4 นิ้ว หรือลึกกว่า นี้ ถ้าเป็นพืชที่ลงหัว
พืชผักเป็นพืชที่มีการเจริญเติบโตรวดเร็ว ต้องการแร่ธาตุอาหารจาก ดินเป็นปริมาณมาก ในช่วงระยะเวลาสั้นๆ ถ้าจะให้ผลผลิตที่ดีควรใส่ปุ๋ยเคมี ร่วมไปกับการใส่ปุ๋ยหมักด้วย
การใช้ปุ๋ยหมักกับไม้ผลหรือไม้ยืนต้น ไม้ผลหรือไม้ยืนต้นเป็น พวกที่มีระบบรากลึก การเตรียมดินในหลุมปลูกให้ดีจะมีผลต่อระบบรากและการ เจริญตั้งตัวของต้นไม้ในช่วงแรกเป็นอย่างมาก ในการเตรียมหลุมปลูกควร ขุดหลุมให้ลึก แล้วใช้ปุ๋ยหมักผสมคลุกเคล้ากับดินที่ขุดจากหลุมในอัดราส่วน ดิน 2-3 ส่วน กับปุ๋ยหมัก 1 ส่วน ใส่กลับลงไปในหลุมเพื่อใช้ปลูกต้นไม้ ต่อไป
การใส่ปุ๋ยหมักสำหรับไม้ผลที่เจริญเติบโตแล้วอาจทำโดยการพรวน ดินรอบๆ ต้น ห่างจากโคนต้นประมาณ 2-3 ฟุต ออกไปจนถึงนอกทรงพุ่มของ ต้นประมาณ 1 ฟุต พรวนดินให้ลึกประมาณ 2 นิ้ว โรยปุ๋ยหมักให้หนาประมาณ 1 นิ้ว หรือมากกว่า ใช้จอบผสมคลุกเคล้าให้เข้ากับดิน แล้วรดน้ำหรือจะใช้ วิธีขุดร่องรอบๆ ทรงพุ่มของต้นให้ลึกประมาณ 30-50 เซนติเมตร แล้วใส่ปุ๋ย หมักลงไปในร่องประมาณ 40-50 กิโลกรัมต่อต้น ใช้ดินกลบแล้วรดน้ำ ถ้าจะ ใส่ปุ๋ยเคมีด้วยก็ผสมปุ๋ยเคมีคลุกเคล้ากับปุ๋ยหมักให้ดีแล้วใส่ลงไปพร้อมกัน การใส่ปุ๋ยหมักตามวิธีดังกล่าวมานี้ เป็นการใส่ปีละครั้ง และเมื่อต้นไม้ มีขนาดโตขึ้นก็ควรเพิ่มปริมาณปุ๋ยหมักตามขนาดของต้นไม้ด้วย
การใส่ปุ๋ยหมักกับพืชไร่ หรือนาข้าว ในดินที่มีความอุดมสมบูรณ์ ปานกลาง แนะนำให้ใส่ปุ๋ยหมักในอัดราอย่างน้อยปีละ 1.5-2.5 ตันต่อไร่ หว่านให้ทั่วแปลงแล้วไถหรือคราดกลบก่อน การปลูกพืชในดินที่มีความอุดม- สมบูรณ์ต่ำหรือผืนดินเสื่อมโทรม อาจต้องใส่ปุ๋ยหมักในอัดราที่มากกว่านี้ เช่นปีละ 2-3 ตันต่อไร่ ซึ่งก็ขึ้นอยู่กับสภาพของดินและปริมาณการผลิตปุ๋ยหมัก พื้นทื่ทื่ใช้ปลูกพืชไรเ หรือทำนาเป็นพื้นที่กว้าง ปริมาณปุ๋ยหมักที่ใสiลงไป ในแต่ละปีอาจไม่เพียงพอ ถ้าดินนั้นไมอุดมสมบูรณ์การปรับปรุงความอุดม- สมบูรณ์ของดินควรต้องใช้ร่วมกับการใส่ปุ๋ยเคมี หรือการจัดการดินวิธี อื่นๆ เช่น การใช้ปุ๋ยพืชสดเป็นต้น
การใช้ปุ๋ยหมักกับพืชอื่นๆ นอกจากจะใช้กับพวกพืชไร่ พืชสวน ดังกล่าวมาแล้ว ปุ๋ยหมักยังสามารถใช้กับพวกไม้ดอกไม้ประดับได้เป็นอย่างดี ถ้าปลูกเป็นแปลงใช้อัตราเดียวกันกับที่ใช้ในแปลงผัก คือโรยปุ๋ยหมักคลุม แปลงให้หนาประมาณ 1-3 นิ้ว แล้วใช้จอบสับผสมลงไปในดินให้ลึก ประมาณ 4 นิ้ว
การใช้ทำวัสดุปลูกสำหรับไม้กระถาง ใช้ปุ๋ยหมัก 1 ส่วน ผสม กับดินร่วนที่อุดมสมบูรณ์ 2 ส่วน ถ้าผสมปุ๋ยหมักในอัตราส่วนมากๆ วัสดุปลูก มักจะแห้งเร็วเกินไป และมีปัญหาเรื่องวัสดุปลูกยุบตัวมาก
การเตรียมดินสำหรับเพาะเมล็ดหรือปลูกต้นกล้า ใช้อัตราส่วน ปุ๋ยหมัก 1 ส่วน ทราย 1 ส่วน และดินร่วนที่อุดมสมบูรณ์ 2 ส่วน ถ้าใช้เพาะ เมล็ดพืชที่มีขนาดเล็กๆ ก็ใช้เมล็ดโรยหรือวางบนวัสดุเพาะดังกล่าว จากนั้นใช้ ปุ๋ยหมักโรยบางๆ ทับลงไปแล้วรดน้ำ