การทำปุ๋ยหมักคือ การนำเอาเศษซากหรือวัสดุต่างๆ ที่ได้มาจากสิ่งมีชีวิตโดยเฉพาะอย่างยิ่งพวกที่ได้มาจากพืช เช่น เศษหญ้า ใบไม้ ฟางข้าว ผักตบชวา หรือแม้แต่ขยะมูลฝอยตามบ้านเรือนมากองรวมกัน รดน้ำให้มีความชื้นพอเหมาะ หมักไว้จนกระทั่งเศษพืชหรือวัสดุเหล่านั้นย่อยสลายและแปรสภาพไป กลายเป็นขุยสีดำหรือสีน้ำตาลเข้ม มีลักษณะพรุน ยุ่ย ร่วนซุย ที่เรียกว่า "ปุ๋ยหมัก"
การย่อยและการแปรสภาพของเศษพืชหรือ
วัสดุดังกล่าวเกิดขึ้นเนื่องจากสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กๆ ที่เรียกว่า "จุลินทรีย์"
ซึ่งอาศัยอยู่ในกองปุ๋ยสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กเหล่านี้มีอยู่
มากมายหลายชนิดปะปนกันอยู่และพวกที่มีบทบาทในการแปรสภาพวัสดุมากที่สุดได้แก่ เชื้อราและเชื้อบักเตรี
วิธีการหมักวัสดุต่างๆ ให้กลายเป็นปุ๋ยหมัก อาจทำใด้หลายๆ วิธี แตกต่างกันไป เช่น การหมักเศษพืชแต่เพียงอย่างเดียวหรือมีการเติมมูลสัตว์หรือปุ๋ยเคมีลงไปในกองปุ๋ยด้วย เพื่อเร่งให้เศษวัสดุแปรสภาพได้เร็วขึ้น การใส่ผงเชื้อจุลินทรีย์เพิ่มเติมลงไปกองปุ๋ยเพื่อเสริมเชื้อจุลินทรีย์ที่มีอยู่แล้วในธรรมชาติหรือการมีรูปแบบของการกองปุ๋ยแตกต่างกันไป ซึ่งแต่ละวิธีอาจใช้ระยะเวลาในการหมักไม่เท่ากัน และปุ๋ยหมักที่ได้ก็มีคุณภาพแตกต่างกันไป