จากการรับฟังเกษตรกรที่มาติดต่อกับหน่วยงานของราชการส่วนใหญ่
ในขณะนี้พบว่ายังมีปัญหาบางประการที่จะต้องแก้ไข เพื่อปรับปรุงการเลี้ยงปลา
แบบผสมผสานของเกษตรกรให้ได้ผลดียิ่งขึ้น คือ
1. เกษตรกรส่วนใหญ่ยังขาดความรู้ความเข้าใจในเรื่องการเลี้ยงปลาที่
ถูกต้องทำให้ประสบปัญหาในเรื่องน้ำเสีย แล้วปลาเป็นโรค หรือปลาตายมาก เป็นต้น
ซึ่งมาจากสาเหตุต่าง ๆ ดังต่อไปนี้
1.1 ปล่อยปลาในบ่อหนาแน่นเกินไป ทำให้ปลาไม่เจริญเติบโตเท่าที่ควร
1.2 จำนวนสัตว์เลี้ยงไม่สัมพันธุ์กับจำนวนปลาในบ่อ ถ้าจำนวนสัตว์เลี้ยง
น้อยเกินไป ทำให้ต้องเพิ่มอาหารสมทบเป็นการสิ้นเปลือง หรือถ้าจำนวนสัตว์
เลี้ยงมาก น้ำในบ่อจะเป็นสีเขียวเข้มเพราะมีเแพลงก์ตอนพืชเกิดมากพวกนี้จะดึงเอา
ออกซิเจนจากน้ำไปใช้ ทำให้ปลาตายได้
1.3 บ่อที่ขุดใหม่ ๆ จะมีปัญหาถ้าดินเปรี้ยว เพราะเมื่อฝนตกน้ำจะชะ
เอาความเปรี้ยวจากดินลงสู่บ่อ สภาพน้ำเปลี่ยนแปลงกระทันหัน อาจทำให้ปลา
ตายได้ ซึ่งแก้ไขโดยเอาปูนขาวโรยบริเวณขอบคันบ่อก่อนฤดูฝนและทุก 2 สัปดาห์
1.4 การใช้ยา ฆ่าแมลง ยาปราบศัตรูพืช ในไร่นาที่มีการเลี้ยงปลาแบบ
ผสมผสาน ถ้าไม่จำเป็นจริง ๆ ควรหลีกเลี่ยงเพราะจะเป็นอันตรายแก่ปลาได้
2. การกำหนดราคาขายปลายังอยู่ในมือของพ่อค้าคนกลาง ซึ่งมักจะ
เอารัดเอาเปรียบตั้งราคาให้ต่ำกว่าที่เป็นจริงมาก เพื่อหวังทำกำไรให้มากที่สุด
เกษตกรผู้เลี้ยงปลามักจะแยกกันเป็นเอกเทศไม่มีการรวมกลุ่ม จึงเกือบจะไม่มี
อำนาจต่อรองใด ๆ กับพ่อค้าคนกลางเลย
3. ขาดแหล่งจำหน่ายพันธุ์ปลาที่มีคุณภาพดี และมีจำนวนมากเพียงพอ
พันธุ์ปลาที่มีปัญหามากที่สุดในขณะนี้ คือ ปลานิล ซึ่งหาลูกปลาพันธุ์แท้ได้ยากมาก
เมื่อเลี้ยงปลาลูกผสม ปลาจะโตช้า ผลผลิตต่ำ ซ้ำยังขายได้ราคาต่ำเพราะมีสีดำเข้ม
ไม่น่ารับประทาน ส่วนพันธุ์ปลาสวายในบางปีจะขาดแคลนและมีราคาสูงมาก
พันธุ์ปลาดุกบิ๊กอุย บางครั้งก็มีการปลอมปน โดยเอาลูกปลาดุกยักษ์มาหลอกขาย
เป็นต้น