ในสมัยก่อนนิยมปลูกกระท้อนด้วยต้นที่เพาะจากเมล็ด จึงทำให้ได้กระท้อนพันธุ์ใหม่ ๆ เกิดขึ้นอยู่เสมอ ซึ่งบางครั้งอาจได้พันธุ์ที่มีคุณภาพดีกว่าต้นแม่เสียอีก (แต่มีไม่มากนัก) เมื่อมีพันธุ์ใหม่ที่ดีเกิดขึ้นก็จะมีการตั้งชื่อ ตามชื่อของเจ้าของหรือตามลักษณะของผลหรือแหล่งที่ต้นกระท้อนขึ้นอยู่ จึงทำให้ในปัจจุบันมีกระท้อนพันธุ์ต่าง ๆ ไม่ต่ำกว่า 20 พันธุ์ ได้แก่ ทับทิม เขียวหวาน ปุยฝ้าย นิ่มนวล ขันทอง เทพรส อีล่า บัวลอย หลังท่อ ไหว ตาเชื่อม ทองหยิบ ทับทิมทอง อีจาน หมาตื่น ปุยเมฆ ทองใบใหญ่ ตาอยู่ ไกรทอง เมล็ดในไหว กำมะหยี่ ผลกระท้อนส่วนใหญ่จะมี ลักษณะที่ค่อนข้างคล้ายกัน บางครั้งก็ทำให้เกิดความสับสนในการแยกพันธุ์ ต้องอาศัยความชำนาญมาก ๆ จึงจะสามารถบอกได้ว่าเป็นพันธุ์อะไรได้อย่างถูกต้อง