ปัญหาวัชพืชในสวนไม้ผล-ไม้ยืนต้น มักจะเกิดรุนแรงในสวนที่ต้นไม้ยังมีขนาดเล็กอยู่ เพราะในช่วงนี้วัชพืชจะสามารถเจริญเติบโตได้เร็วกว่า ส่งผลให้ต้นไม้ที่ปลูกชะงักการเจริญเติบโต ให้ผลผลิตช้า แต่เมื่อไม้ผล-ไม้ยืนต้นโตขึ้นจนมีพุ่มชนกัน ปัญหาการเกิดวัชพืชก็จะลดลง ดังนั้นช่วง 2-3 ปีแรกของการปลูกไม้ผลไม้ยืนต้น เกษตรกรจะต้องคอยควบคุมและกำจัดวัชพืชอยู่เสมอ ซึ่งสามารถปฏิบัติได้หลายวิธี แต่วิธีหนึ่งที่จะแนะนำ คือ การปลูกพืชคลุมดินในระหว่างแถวของไม้ผล-ไม้ยืนต้น วิธีนี้จะช่วยแก้ปัญหาวัชพืชในระยะยาวได้ โดยพืชที่นิยมนำมาปลูกคลุมดินได้แก่พืชตระกูลถั่วประเภทเลื้อยพัน ซึ่งสามารถทอดเถาเลื้อยคลุมวัชพืชให้ตายได้ วิธีนี้เกษตรกรอาจจะต้องใช้เวลาและเสียค่าใช้จ่ายสูงในระยะแรกเพื่อขยายพืชคลุมให้เต็มพื้นที่ แต่หลังจากนั้นแล้วการจัดการไม่ให้พืชคลุมเลื้อยเข้าไปพันในทรงพุ่มของไม้ผล-ไม้ยืนต้นจะทำได้ง่ายและประหยัดค่าใช้จ่ายกว่าการกำจัดวัชพืช

การปลูกพืชตระกูลถั่วแซมในสวนไม้ผล-ไม้ยืนต้นนอกจากจะช่วยควบคุมไม้ให้มีวัชพืชเกิดขึ้นแล้ว ยังมีประโยชน์ที่เกิดขึ้นตามมาอีกหลายอย่าง ได้แก่

1. ช่วยเพิ่มธาตุไนโตรเจนในดิน เนื่องจากแบคทีเรียที่อาศัยอยู่ในปมรากถั่วจะช่วยตรึงไนโตรเจนในอากาศมาสะสมไว้ในดิน จึงทำให้พืชที่ปลูกร่วมกับพืชตระกูลถั่วมีอัตราการเจริญเติบโตเพิ่มขึ้น นอกจากนี้ยังช่วยลดค่าใช้จ่ายในการใส่ปุ๋ยไนโตรเจนอีกด้วย
2. ต้น เถา และใบของพืชคลุมดิน เมื่อตายหรือร่วงหล่นลงดินแล้วจะกลายเป็นอินทรียวัตถุช่วยเพิ่มธาตุอาหารในดินและช่วยปรับปรุงโครงสร้างของดินให้ดีขึ้นด้วย
3. การปลูกพืชคลุมดินจะช่วยป้องกันการชะล้างและพังทะลายของหน้าดิน
4. เมล็ดพันธุ์ของพืชคลุมดิน สามารถนำไปขาย ช่วยเพิ่มรายได้ให้แก่เกษตรกรอีกด้วย

อย่างไรก็ตามถึงแม้ว่าพืชคลุมดินจะมีประโยชน์มากมายหลายประการแล้ว แต่ก็ยังพบปัญหาตามมา คือ

1. ในฤดูฝน พืชคลุมดินจะเจริญเติบโตรวดเร็วจึงมักเลื้อยพันขึ้นต้นไม้ ทำให้ต้นไม้ผล-ไม้ยืนต้นชะงักการเจริญเติบโตได้ ดังนั้นเกษตรกรจะต้องคอยดูแลไม่ให้พืชคลุมดินเลื้อยขึ้นต้นไม้ โดยใช้มือดึงพืชคลุมดินให้ห่างทรงพุ่มหรือใช้เครื่องนาบ
2. ในฤดูแล้ง พืชคลุมดินจะโทรมและทิ้งใบเป็นเชื้อเพลิงทำให้เกิดไฟไหม้สวนได้ ดังนั้นเกษตรกรจึงควรทำแนวป้องกันไฟและต้องคอยตัดแต่งให้พืชคลุมดินอยู่ห่างจากต้นไม้อย่างน้อย 1 เมตร