ปลากดเหลืองมีกระเพาะอาหาร ที่มีลักษณะเป็นถุงตรงยาว ผนังหนาสีขาวขุ่น นิสัยการกินอาหารในธรรมชาติได้แก่ ปลาขนาดเล็ก ตัวอ่อนแมลงหรือแมลงในน้ำ กุ้งน้ำจืด เศษพันธุ์ไม้น้ำ และหอยฝาเดียว เป็นต้น จากลักษณะรูปร่างที่ปราดเปรียวของปลากดเหลือง พบว่า จะโฉบจับเหยื่อที่อยู่ผิวน้ำหรือกลางน้ำได้อย่างว่องไว โดยจะหากินในช่วงกลางคืนได้ดีกว่าช่วงกลางวัน