ปลากดเหลืองสามารถเจริญเติบโต และอยู่อาศัยได้ในสภาพแวดล้อมที่หลากหลาย แต่ชอบอาศัยอยู่ตามพื้นท้องน้ำที่เป็นแอ่งหิน หรือเป็นพื้นดินแข็ง น้ำค่อนข้างใส่มีกระแสน้ำไหลไม่แรงนัก พบอยู่ในระดับความลึกตั้งแต่ 2-40 เมตร
ทั้งยังชอบหาอาหารบริเวณที่น้ำจากต้นน้ำเหนือเขื่อน หรืออ่างเก็บน้ำไหลมาบรรจบกับบริเวณแนวน้ำนิ่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง บริเวณปากแม่น้ำซึ่งมีน้ำจืบไหลปะทะกับแนวน้ำเค็ม มีกุ้ง ปลา ปู หอย ค่อนข้างสมบูรณ์ ชาวประมงมักจับปลากดเหลืองได้มากในบริเวณดังกล่าว อย่างไรก็ตาม ปลากดเหลืองสามารถที่จะปรับตัวให้เจริญเติบโตได้ดีในสภาพน้ำพรุ ที่มีความเป็นกรดสูงและมีปริมาณสารแขวนลอยมาก