วัคซีน คือสารที่ใช้กระตุ้นร่างกายให้สร้างภูมิต้านทานโรค ช่วยป้องกันโรคซึ่งอาจเป็นอันตรายถึงตายหรือเกิดความสูญเสียทางเศรษฐกิจขึ้นได้ วัคซีนโคที่สำคัญ ได้แก่ วัคซีนบรูเซลโลซีส, วัคซีนปากและเท้าเปื่อย, วัคซีนเฮโมรายิกเซฟติซีเมีย, วัคซีนแอนแทรกซ์ เป็นต้น
คุณลักษณะที่สำคัญของวัคซีนที่เกษตรกรควรทราบ คือ
1. ร่างกายของโคจะต้องใช้เวลาประมาณ 2 สัปดาห์หลังจากได้รับวัคซีนแล้วในการสร้างภูมิต้านทานโรคขึ้น ซึ่งถ้าหากโคได้รับเชื้อโรคนั้นในระยะนี้ก็จะทำให้ป่วยเป็นโรคนั้นได้
2. วัคซีนทั่ว ๆ ไปให้ผลคุ้มกันโรคกว่า 80% แต่ไม่ 100% โคที่ฉีดวัคซีนแล้วอาจป่วยด้วยโรคนั้นได้ถ้าได้รับเชื้อจำนวนมากและรุนแรงในช่วงเวลาที่ภูมิต้านทานในร่างกายลดต่ำลง
3. วัคซีนเป็นสิ่งแปลกปลอมจึงย่อมจะถูกต่อต้านจากร่างกายเป็นธรรมดาโคจึงอาจเกิดการแพ้ขึ้นได้ แต่ปัจจุบันนี้วัคซีนได้รับการปรับปรุงให้มีความปลอดภัยและประสิทธิภาพสูงขึ้นมาก ยิ่งถ้าหากโคได้คุ้นเคยกับวัคซีนตั้งแต่อยู่ในท้องแและได้รับวัคซีนต่อมาอย่างสม่ำเสมอด้วย โอกาสแพ้ก็แทบจะไม่มีเลย
4. การฉีดวัคซีนอาจส่งผลให้ผลผลิตน้ำนมลดลงบ้าง 1-3 วัน แต่ถ้าเปรียบเทียบกับความเสียหายที่จะเกิดขึ้นเมื่อโคป่วยแล้ว เกษตรกรจะเห็นว่าการฉีดวัคซีนป้อง