สีสังเคราะห์เป็นสารแปลกปลอม เมื่อผสมอาหารและรับประทานเข้าไป ในร่างกาย ก็จะเกิดอันตรายได้ ทั้งนี้เนื่องจากสาเหตุ 2 ประการ คือ

1. อันตรายจากสีเอง เพราะสีทุกชนิดถ้าใช้มากเกินไป จะเป็นอันตรายต่อ ผู้บริโภคไม่มากก็น้อย เนื่องจากเป็นสารแปลกปลอมเข้าไปในร่างกาย หากร่างกาย ขับถ่ายออกไม่ทัน ก็จะสะสมอยู่ในร่างการแล้วอาจก่อให้เกิดอันตรายแก่ร่างกายได้ เช่น สีพวกโรห์ตามีน บี (Rhodamine B) เอารามีน (Auramine) มาลาไคท์ กรีน (Malachite green) และไวโอเลท บี เอ็น พี (Violet BNP) อาจทำให้เกิดผื่นที่ผิวหนัง หน้าบวม อาเจียน ท้องเดิน อาการชา เพลีย และอ่อนแรงคล้ายเป็นอัมพาต การทำงาน ของระบบทางเดินอาหาร ไต และตับเสีย สีบางอย่างอาจทำให้เกิดมะเร็งที่ต่อมน้ำเหลือง และอวัยวะอื่น ๆ

สีตาร์ตราซีน (สีเหลือง) ถ้ารับประทานเกิน 7.5 มิลลิกรัม/น้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม จะจับอู่ตามเยื่อบุกระเพาะอาหารและลำไส้ ทำให้การดูดซึมของอาหาร บกพร่องไป สำหรับสี ซันเซ็ต เย็ลโลว์ เอ็ฟ ซี เอ็ฟ (สีเหลือง) ถ้ารับประทานเกิน 5.0 มิลลิกรัม/น้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม จะทำให้ท้องเดิน น้ำหนักลด

2. อันตรายจากสารอื่น ที่ติดมาเนื่องจากการสังเคราะห์ หรือจากกระบวน การผลิตที่แยกเอาสารเจือปนออกไม่หมด สารดังกล่าวได้แก่ โลหะหนักต่าง ๆ เซ่น โครเมียม แคดเมียม ปรอท ตะกั่ว สารหนู พลวง และเซเสเนียม เป็นต้น ซึ่งมีอยู่กับ สีย้อมผ้า แพร เสื่อและสีทาบ้าน โลหะหนักเหล่านี้จะเป็นอันตรายต่อร่างกายได้ แม้ได้รับเพียงปริมาณเล็กน้อย อาการอาจเป็นทั้งอย่างฉับพลันและเรื้อรัง ซึ่งพิษ ของโลหะหนักนี้ถ้าเป็นมากอาจเป็นอันตรายแก่ชีวิตได้ นอกจากนั้นยังเป็นสาเหตุ ของมะเร็งที่อวัยวะอื่นๆ อีกด้วย

จะเห็นได้ว่าสีผสมอาหารนั้นไม่ให้คุณค่าอะไรแก่ร่างกาย และก็ไม่มีความ จำเป็นใด ๆ ที่จะต้องใช้เลย กลับทำให้เกิดอันตรายได้อีกด้วย ดังนั้นจึงควรหลีกเลี่ยง การใช้และบริโภคอาหารที่ไม่ได้ผสมสีเท่านั้น